Գուրգեն Մարգարյանը ծնվել է Երևանում 1978 թ. սեպտեմբերի 26-ին։ Հայաստանի ազգային պոլիտեխնիկական համալսարանում բակալավրի աստիճան ստանալուց հետո զորակոչվում է Հայաստանի Հանրապետության Զինված Ուժեր։ Զինվորական ծառայությունն ավարտելուց հետո շարունակում է ծառայությունը զինված ուժերում և դառնում Պաշտպանության նախարարության սպա։
2004 թվականի հունվարի 11-ից Գուրգեն Մարգարյանը մասնակցում էր ՆԱՏՕ-ի «Գործընկերություն հանուն խաղաղության» անգլիալեզու ուսումնական դասընթացներին։ Փետրվարի 19-ին սպանվեց ադրբեջանցի սպա Ռամիլ Սաֆարովի կողմից, որը քնած ժամանակ կացնի 16 հարված է հասցրել դեմքին։
Գուրգեն Մարգարյանի հետ նույն սենյակում բնակվող Քութի Բալաշը հետո պատմել է. «Երեկոյան ինքը թեյել է, գնացել քնելու, Գուրգենը շարունակել է պարապել, ապա 21:30-ի սահմաններում գնացել է հայաստանցի մեկ այլ սպայի՝ Հայկ Մակուչյանի սենյակը։ Թե երբ է վերադարձել, հունգարացին չի զգացել, միայն առավոտյան կողմ զգացել է, որ ինչ-որ մեկը վառել է լույսը։ Մտածել է՝ Գուրգենն է, հետո լսելով խլացված ձայներ` շրջվել է, ու տեսել ադրբեջանցուն՝ Ռամիլ Սաֆարովին, մեծ կացինը ձեռքին կանգնած Մարգարյանի անկողնու մոտ։
«Այդ ժամանակ ես հասկացա, ինչ-որ սարսափելի բան է տեղի ունեցել։ Չորս բոլորը արյուն էր։ Ես սկսեցի գոռալ, որ ադրբեջանցին դադարեցնի իր գործը։ Նա ասաց, որ ինձ հետ խնդիր չունի և ինձ չի վնասի։ Նրա դեմքի արտահայտությունը ուրախ էր, կարծես թե կարևոր գործ էր վերջացրել։ Ես շոկի մեջ էի, վազեցի դուրս օգնություն կանչելու, Ռամիլը գնաց ուրիշ ուղղությամբ» — պատմել է հունգարացին»։
Սպանությունից անմիջապես հետո ադրբեջանցին գնում է մյուս հայ սպայի սենյակը՝ ցանկանալով նրան նույնպես սպանել։ Միջանցքում նա հանդիպել է աղմուկի վրա դուրս եկած ուզբեկ սպային, ադրբեջանցին նրան առաջարկել է միասին գնալ և սպանել երկրորդ հայ սպային։ Ուզբեկը փորձել է հանգստացնել մարդասպանին, բայց նրան չի հաջողվել հանդարտեցնել։
Ռամիլը արյունոտ կացինը ձեռքին մոտեցել է Մակուչյանի սենյակին, սակայն դուռը փակ է եղել։ Չկարողանալով կոտրել դուռը, նա սկսել է բարձր ձայնով վանկարկել Մակուչյանի անունը։ Կիսաքնած Մակուչյանը մոտեցել է դռանը, որպեսզի բացեր դուռը, բայց իր սենյակում ապրող Լիտվայի ներկայացուցիչը, ով երեկոյան փակել էր սենյակի դուռը, երկրորդ անգամ է փրկում հայ սպայի կյանքը։
Ռամիլ Սաֆարովի դատավարությունն անցավ Հունգարիայում։ Բժշկական փորձաքննությունը նրան մեղսունակ ճանաչեց, ու դատարանը Սաֆարովին դատապարտեց ցմահ բանտարկության՝ առաջին 30 տարում առանց համաներման իրավունքի։ Դատավորն իր որոշումը բացատրեց Սաֆարովի կատարած հանցագործության առավել դաժանությամբ և նրանով, որ Սաֆարովն այդպես էլ չգիտակցեց իր գործողությունները։
2012 թվականի օգոստոսի 31-ին Սաֆարովը հանձնվեց Ադրբեջանին՝ հետագա պատիժն այնտեղ կրելու համար, բայց նույն օրն էլ նրան ներում շնորհվեց, բնակարան նվեր ստացավ և կոչումը բարձրացվեց մինչ մայոր՝ ութ տարվա աշխատավարձի վճարումով, որոնք նա անցկացրել էր անազատության մեջ։
Արտահանձնման որոշումից հետո Հայաստանի և Հունգարիայի միջև դիվանագիտական հարաբերությունների խզվեցին։
